MES系统选型六大难点：
1.知识短板，形成心理障碍。在企业实施MES的往往是两类不同知识结构的人才来进行，一种是传统的IT人员，另外一种是工控人员(或设备管理员)，由于MES是一个专业交叉很强的综合项目，这两类人员因为在知识结构上差异(IT人员不熟悉与设备、控制等，而工控人员不熟悉IT)，因此无论由谁来主导在MES项目实施前均存在一定的心理障碍，即便有的企业在实施MES的过程中将这两类人才整合为一个项目组，但如果双方缺乏合理的沟通机制，在理解上往往会出现偏差。
2.前期信息化实施矛盾集中体现。很多企业实施MES的动力来源于前期信息化项目，尤其是ERP项目实施应用到一定的程度，应用还比较好的客户，在ERP深化应用的过程中，发现仅靠ERP系统并不能很好的解决生产管理的问题(如信息及时反馈、质量管理、高级计划排程等等)。希望通过MES的实施能解决之前过程中的问题，因此前期ERP等项目应用中的矛盾问题就浮出水面，对IT人员而言无疑是一个巨大的挑战。此外，MES的定位是制造执行系统，不少人认为是抓住了“救命稻草”，寄希望通过MES能解决所有涉及生产管理的问题。
3.个性强，涉及企业最核心业务。因为MES的实施必然会涉及制造企业最核心的业务——生产，而且个性化非常强，因此企业在实施MES的时候慎之又慎，往往会采取保守策略，毕竟生产线是经不起折腾的。
4.系统庞大，谁先谁后缺乏认识。ISA-95标准在给MES的定义中共有11个标准模块，这么一个系统庞大，模块与模块之前的逻辑关系如何?先实施那块，后实施那块?实施的前提是什么?是非常复杂的。
5.与ERP等系统之间边界不清晰。同时MES在功能的描述上很多与ERP一样，在功能上也存在一定的重叠、交叉，那么真正的内涵、外延如何?之间的边界如何界定?如果没有对ERP和MES有深入的研究，是很难界定的。
6.各供应商关注重点各不相同。此外，各MES解决供应商因为进入该领域的背景不同，其关注点也不相同，今天这个强调接口、明天那个强调质量、后天又冒出一个平台、架构(SOA)…这些好像企业都需求，但如何选择到能真正适合自己的，给企业选型决策带来了困难。
